Guias Rápidos

Guias rápidos para obter os dados necessários — metodologia, instalação, comandos e descrições detalhadas dos gráficos para cada ferramenta integrada ao IntMeta.

Classificação Taxonômica

3 ferramentas

31 gráficos

Kraken2

Kraken2 é um classificador taxonômico ultrarrápido baseado em k-mers que atribui rótulos taxonômicos a leituras curtas de DNA examinando os k-mers dentro de uma leitura e consultando um banco de dados com esses k-mers.

Ver documentação

30 gráficos

CLARK

CLARK (Classificador baseado em K-mers Reduzidos) é um método de classificação de sequências supervisionado que usa k-mers discriminativos — k-mers únicos de um táxon específico — para classificação metagenômica rápida e precisa.

Ver documentação

30 gráficos

Kaiju

Kaiju é um classificador metagenômico em nível de proteína que traduz leituras de DNA em sequências de aminoácidos e as compara com um banco de dados de proteínas de referência usando a transformada de Burrows-Wheeler (BWT).

Ver documentação

Binagem de Metagenômica

4 ferramentas

32 gráficos

CheckM2

CheckM2 é uma ferramenta rápida baseada em aprendizado de máquina para avaliar a qualidade de genomas montados de metagenomas (MAGs). Usa modelos de gradiente potencializado treinados em características genômicas para prever completude e contaminação sem exigir genomas de referência.

Ver documentação

30 gráficos

DAS Tool

DAS Tool é um método automatizado para otimizar a recuperação de genomas montados de metagenoma (MAG) integrando os resultados de múltiplos algoritmos de binning. Seleciona o melhor conjunto não-redundante de bins de vários binnersde entrada usando análise de genes de cópia única (SCG).

Ver documentação

22 gráficos

VAMB

VAMB (Autoencodadores Variacionais para Binning Metagenômico) usa autoencodadores variacionais profundos para aprender uma representação latente de contigs a partir de suas frequências de tetranucleotídeo e perfis de co-abundância em múltiplas amostras, permitindo binning metagenômico preciso.

Ver documentação

22 gráficos

SemiBin2

SemiBin2 é um método de aprendizado profundo auto-supervisionado para binning metagenômico. Usa aprendizado contrastivo com aumento de dados para treinar modelos específicos de amostra sem exigir genomas de referência, permitindo binning preciso mesmo para ambientes novos.

Ver documentação

Análise de Comunidade

1 ferramenta

Análise de Comunidade de Microbioma

Análise de comunidade de dados de censo de microbioma — uma tabela de abundância OTU/ASV, uma tabela de taxonomia e uma tabela de metadados da amostra — para composição, diversidade alfa e beta, ordenação e co-ocorrência. As três tabelas são a saída padrão de qualquer pipeline de amplicon ou metagenômica (QIIME 2, DADA2, mothur, USEARCH/VSEARCH, MetaPhlAn); traga-as de qualquer um que você tenha executado.

Ver documentação

Cada página de ferramenta inclui metodologia, comandos de instalação, formatos de E/S e referência de gráficos com imagens de prévia.