SemiBin2

Amostra 1 microbioma intestinal (3 amostras do PRJNA795985, 1M pares de leituras cada) co-montado com Montagem e binado com SemiBin2 v2.2.1 em modo auto-supervisionado, produzindo 38 bins.

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   Baixar 3 amostras do PRJNA795985

   for SRR in SRR17531757 SRR17531762 SRR17531772; do fastq-dump --split-files --gzip -X 1000000 --outdir reads/ $SRR; done

   Mesma co-montagem que VAMB — reutiliza as mesmas leituras. Baixa 1M pares de leituras por amostra (~70 MB comprimidos cada).

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   Co-montar todas as amostras com MEGAHIT

   megahit -1 reads/SRR17531757_1.fastq.gz,reads/SRR17531762_1.fastq.gz,reads/SRR17531772_1.fastq.gz -2 reads/SRR17531757_2.fastq.gz,reads/SRR17531762_2.fastq.gz,reads/SRR17531772_2.fastq.gz -o assembly --min-contig-len 1500 -t 8 --presets meta-sensitive

   Produz 14.934 contigs (≥1.500 pb). Se já realizado para VAMB, reutilize a mesma montagem.

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   Mapear cada amostra para contigs

   for SRR in SRR17531757 SRR17531762 SRR17531772; do minimap2 -ax sr -t 8 assembly/final.contigs.fa reads/${SRR}_1.fastq.gz reads/${SRR}_2.fastq.gz | samtools sort -@ 4 -o bams/${SRR}.sorted.bam && samtools index bams/${SRR}.sorted.bam; done

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   Executar binning auto-supervisionado SemiBin2

   SemiBin2 single_easy_bin -i assembly/final.contigs.fa -b bams/SRR17531757.sorted.bam bams/SRR17531762.sorted.bam bams/SRR17531772.sorted.bam -o semibin2_out --self-supervised -m 1500 -t 8

   Usa single_easy_bin com múltiplos BAMs para co-abundância. Modo auto-supervisionado treina um modelo específico de amostra (~38 min em CPU). Produz 38 bins após re-agrupamento baseado em HMM.