CheckM2

Amostra 1 21 bins montados de metagenoma da co-montagem de microbioma intestinal PRJNA795985 avaliados com CheckM2 usando o Banco de dados.

1. 1

   Baixar 3 amostras do PRJNA795985

   for SRR in SRR17531757 SRR17531762 SRR17531772; do fastq-dump --split-files --gzip -X 1000000 --outdir reads/ $SRR; done

   1M pares de leituras por amostra de "Diet and Antimicrobial Resistance in Healthy US Adults" (Shrestha et al., mBio 2022).

2. 2

   Co-montar com MEGAHIT

   megahit -1 reads/SRR17531757_1.fastq.gz,reads/SRR17531762_1.fastq.gz,reads/SRR17531772_1.fastq.gz -2 reads/SRR17531757_2.fastq.gz,reads/SRR17531762_2.fastq.gz,reads/SRR17531772_2.fastq.gz -o assembly --min-contig-len 1500 -t 8

   A co-montagem produz 14.934 contigs (≥1.500 pb).

3. 3

   Mapear cada amostra para contigs

   for SRR in SRR17531757 SRR17531762 SRR17531772; do minimap2 -ax sr -t 8 assembly/final.contigs.fa reads/${SRR}_1.fastq.gz reads/${SRR}_2.fastq.gz | samtools sort -@ 4 -o bams/${SRR}.sorted.bam && samtools index bams/${SRR}.sorted.bam; done

   Produz alinhamentos BAM por amostra necessários para binning.

4. 4

   Binnar contigs

   vamb bin default --outdir vamb_out --fasta assembly/final.contigs.fa --bamdir bams/ -m 1500 --minfasta 200000 -p 8

   Produz 21 arquivos FASTA de bin (≥200 Kbp).

5. 5

   Baixar banco de dados CheckM2

   checkm2 database --download --path checkm2_db/

   Baixa o banco de dados DIAMOND (uniref100.KO.1.dmnd, ~1,74 GB).

6. 6

   Executar CheckM2 em todos os 21 bins

   checkm2 predict --input bins/ --output-directory checkm2_output/ -x fna --threads 8 --database_path checkm2_db/uniref100.KO.1.dmnd

   Produz quality_report.tsv com completude, contaminação, densidade de codificação, conteúdo GC, N50 e tamanho de genoma para todos os 21 bins.