VAMB

Amostra 1 microbioma intestinal (3 amostras do PRJNA795985, 1M pares de leituras cada) co-montado com Montagem e binado com VAMB v5.0.4, produzindo 7.212 clusters.

1. 1

   Baixar 3 amostras do PRJNA795985

   for SRR in SRR17531757 SRR17531762 SRR17531772; do fastq-dump --split-files --gzip -X 1000000 --outdir reads/ $SRR; done

   Baixa 1M pares de leituras por amostra (~70 MB comprimidos cada) do estudo "Diet and Antimicrobial Resistance in Healthy US Adults" (Shrestha et al., mBio 2022).

2. 2

   Co-montar todas as amostras com MEGAHIT

   megahit -1 reads/SRR17531757_1.fastq.gz,reads/SRR17531762_1.fastq.gz,reads/SRR17531772_1.fastq.gz -2 reads/SRR17531757_2.fastq.gz,reads/SRR17531762_2.fastq.gz,reads/SRR17531772_2.fastq.gz -o assembly --min-contig-len 1500 -t 8 --presets meta-sensitive

   Produz 14.934 contigs (≥1.500 pb).

3. 3

   Mapear cada amostra para contigs

   for SRR in SRR17531757 SRR17531762 SRR17531772; do minimap2 -ax sr -t 8 assembly/final.contigs.fa reads/${SRR}_1.fastq.gz reads/${SRR}_2.fastq.gz | samtools sort -@ 4 -o bams/${SRR}.sorted.bam && samtools index bams/${SRR}.sorted.bam; done

4. 4

   Executar VAMB v5.0.4

   vamb bin default --outdir vamb_out --fasta assembly/final.contigs.fa --bamdir bams/ -m 1500 --minfasta 200000 -p 8

   Produz vae_clusters_metadata.tsv com 7.212 clusters (715 normal, 6.472 loner, 25 fallback).