Guías Rápidas

Guías rápidas para obtener los datos necesarios — metodología, instalación, comandos y descripciones detalladas de los gráficos para cada herramienta integrada en IntMeta.

Clasificación Taxonómica

3 herramientas

31 gráficos

Kraken2

Kraken2 es un clasificador taxonómico ultrarrápido basado en k-mers que asigna etiquetas taxonómicas a lecturas cortas de ADN examinando los k-mers dentro de una lectura y consultando una base de datos con esos k-mers.

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30 gráficos

CLARK

CLARK (Clasificador basado en K-mers Reducidos) es un método de clasificación de secuencias supervisado que utiliza k-mers discriminativos — k-mers únicos de un taxón específico — para una clasificación metagenómica rápida y precisa.

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30 gráficos

Kaiju

Kaiju es un clasificador metagenómico a nivel de proteínas que traduce lecturas de ADN en secuencias de aminoácidos y las coteja contra una base de datos de proteínas de referencia utilizando la transformada de Burrows-Wheeler (BWT).

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Agrupamiento Metagenómico

4 herramientas

32 gráficos

CheckM2

CheckM2 es una herramienta rápida basada en aprendizaje automático para evaluar la calidad de genomas ensamblados de metagenomas (MAGs). Utiliza modelos potenciados por gradiente entrenados en características genómicas para predecir completitud y contaminación sin requerir genomas de referencia.

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30 gráficos

DAS Tool

DAS Tool es un método automatizado para optimizar la recuperación de genomas ensamblados de metagenomas (MAGs) integrando los resultados de múltiples algoritmos de binning. Selecciona el mejor conjunto no redundante de bins de varios binners de entrada usando análisis de genes de copia única (SCG).

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22 gráficos

VAMB

VAMB (Autoencodificadores Variacionales para Binning Metagenómico) utiliza autoencodificadores variacionales profundos para aprender una representación latente de contigs a partir de sus frecuencias de tetranucleótidos y perfiles de coabundancia a través de múltiples muestras, permitiendo binning metagenómico preciso.

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22 gráficos

SemiBin2

SemiBin2 es un método de aprendizaje profundo auto-supervisado para binning metagenómico. Utiliza aprendizaje contrastivo con aumento de datos para entrenar modelos específicos de muestra sin requerir genomas de referencia, permitiendo binning preciso incluso para entornos novedosos.

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Análisis de Comunidad

1 herramienta

Análisis de Comunidad de Microbioma

Análisis comunitario de datos de censo de microbioma — una tabla de abundancia OTU/ASV, una tabla de taxonomía y una tabla de metadatos de muestra — para composición, diversidad alfa y beta, ordenación y coocurrencia. Las tres tablas son la salida estándar de cualquier tubería de amplicón o metagenómica (QIIME 2, DADA2, mothur, USEARCH/VSEARCH, MetaPhlAn); tráelas de la que ejecutaste.

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Cada página de herramienta incluye metodología, comandos de instalación, formatos de E/S y referencia de gráficos con imágenes de vista previa.