CheckM2

Muestra 1 21 bins ensamblados de metagenoma de la co-asamblea PRJNA795985 de microbioma intestinal evaluados con CheckM2 usando la Base de datos.

1. 1

   Descargar 3 muestras de PRJNA795985

   for SRR in SRR17531757 SRR17531762 SRR17531772; do fastq-dump --split-files --gzip -X 1000000 --outdir reads/ $SRR; done

   1M pares de lecturas por muestra de "Diet and Antimicrobial Resistance in Healthy US Adults" (Shrestha et al., mBio 2022).

2. 2

   Co-ensamblar con MEGAHIT

   megahit -1 reads/SRR17531757_1.fastq.gz,reads/SRR17531762_1.fastq.gz,reads/SRR17531772_1.fastq.gz -2 reads/SRR17531757_2.fastq.gz,reads/SRR17531762_2.fastq.gz,reads/SRR17531772_2.fastq.gz -o assembly --min-contig-len 1500 -t 8

   La co-asamblea produce 14,934 contigs (≥1,500 bp).

3. 3

   Mapear cada muestra a contigs

   for SRR in SRR17531757 SRR17531762 SRR17531772; do minimap2 -ax sr -t 8 assembly/final.contigs.fa reads/${SRR}_1.fastq.gz reads/${SRR}_2.fastq.gz | samtools sort -@ 4 -o bams/${SRR}.sorted.bam && samtools index bams/${SRR}.sorted.bam; done

   Produce alineamientos BAM por muestra requeridos para binning.

4. 4

   Bin contigs

   vamb bin default --outdir vamb_out --fasta assembly/final.contigs.fa --bamdir bams/ -m 1500 --minfasta 200000 -p 8

   Produce 21 archivos FASTA de bin (≥200 Kbp).

5. 5

   Descargar base de datos de CheckM2

   checkm2 database --download --path checkm2_db/

   Descarga la base de datos DIAMOND (uniref100.KO.1.dmnd, ~1.74 GB).

6. 6

   Ejecutar CheckM2 en todos los 21 bins

   checkm2 predict --input bins/ --output-directory checkm2_output/ -x fna --threads 8 --database_path checkm2_db/uniref100.KO.1.dmnd

   Produce quality_report.tsv con completitud, contaminación, densidad de codificación, contenido GC, N50 y tamaño de genoma para todos los 21 bins.