VAMB

Muestra 1 microbioma intestinal (3 muestras de PRJNA795985, 1M pares de lecturas cada una) co-ensambladas con Asamblea y bineadas con VAMB v5.0.4, produciendo 7,212 clústeres.

1. 1

   Descargar 3 muestras de PRJNA795985

   for SRR in SRR17531757 SRR17531762 SRR17531772; do fastq-dump --split-files --gzip -X 1000000 --outdir reads/ $SRR; done

   Descargar 1M pares de lecturas por muestra (~70 MB comprimido cada una) del estudio "Diet and Antimicrobial Resistance in Healthy US Adults" (Shrestha et al., mBio 2022).

2. 2

   Co-ensamblar todas las muestras con MEGAHIT

   megahit -1 reads/SRR17531757_1.fastq.gz,reads/SRR17531762_1.fastq.gz,reads/SRR17531772_1.fastq.gz -2 reads/SRR17531757_2.fastq.gz,reads/SRR17531762_2.fastq.gz,reads/SRR17531772_2.fastq.gz -o assembly --min-contig-len 1500 -t 8 --presets meta-sensitive

   Produce 14,934 contigs (≥1,500 bp).

3. 3

   Mapear cada muestra a contigs

   for SRR in SRR17531757 SRR17531762 SRR17531772; do minimap2 -ax sr -t 8 assembly/final.contigs.fa reads/${SRR}_1.fastq.gz reads/${SRR}_2.fastq.gz | samtools sort -@ 4 -o bams/${SRR}.sorted.bam && samtools index bams/${SRR}.sorted.bam; done

4. 4

   Ejecutar VAMB v5.0.4

   vamb bin default --outdir vamb_out --fasta assembly/final.contigs.fa --bamdir bams/ -m 1500 --minfasta 200000 -p 8

   Produce vae_clusters_metadata.tsv con 7,212 clústeres (715 normal, 6,472 loner, 25 fallback).