SemiBin2

Muestra 1 microbioma intestinal (3 muestras de PRJNA795985, 1M pares de lecturas cada una) co-ensambladas con Asamblea y bineadas con SemiBin2 v2.2.1 en modo auto-supervisado, produciendo 38 bins.

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   Descargar 3 muestras de PRJNA795985

   for SRR in SRR17531757 SRR17531762 SRR17531772; do fastq-dump --split-files --gzip -X 1000000 --outdir reads/ $SRR; done

   Misma co-asamblea que VAMB — reutiliza las mismas lecturas. Descargar 1M pares de lecturas por muestra (~70 MB comprimido cada una).

2. 2

   Co-ensamblar todas las muestras con MEGAHIT

   megahit -1 reads/SRR17531757_1.fastq.gz,reads/SRR17531762_1.fastq.gz,reads/SRR17531772_1.fastq.gz -2 reads/SRR17531757_2.fastq.gz,reads/SRR17531762_2.fastq.gz,reads/SRR17531772_2.fastq.gz -o assembly --min-contig-len 1500 -t 8 --presets meta-sensitive

   Produce 14,934 contigs (≥1,500 bp). Si ya se hizo para VAMB, reutilizar la misma asamblea.

3. 3

   Mapear cada muestra a contigs

   for SRR in SRR17531757 SRR17531762 SRR17531772; do minimap2 -ax sr -t 8 assembly/final.contigs.fa reads/${SRR}_1.fastq.gz reads/${SRR}_2.fastq.gz | samtools sort -@ 4 -o bams/${SRR}.sorted.bam && samtools index bams/${SRR}.sorted.bam; done

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   Ejecutar binning auto-supervisado de SemiBin2

   SemiBin2 single_easy_bin -i assembly/final.contigs.fa -b bams/SRR17531757.sorted.bam bams/SRR17531762.sorted.bam bams/SRR17531772.sorted.bam -o semibin2_out --self-supervised -m 1500 -t 8

   Utiliza single_easy_bin con múltiples BAMs para coabundancia. El modo auto-supervisado entrena un modelo específico de muestra (~38 min en CPU). Produce 38 bins después de reagrupamiento basado en HMM.