获取所需数据的快速指南——涵盖 IntMeta 集成的每个工具的方法、安装、命令以及详细的图表说明。
Kraken2 是一种超快速的 k-mer 分类方法，通过检查 reads 中的 k-mer 并用这些 k-mer 查询数据库，为短 DNA reads 分配分类学标签
CLARK（CLAssifier based on Reduced K-mers，基于精简 k-mer 的分类器）是一种监督式序列分类方法，使用特征 k-mer（特定分类单元特有的 k-mer）进行快速且精准的宏基因组分类。
Kaiju 是一个蛋白质级别的宏基因组分类器，将 DNA reads 转化为氨基酸序列，并使用 Burrows-Wheeler transform (BWT) 将其与参考蛋白质数据库进行匹配。
CheckM2 是一个基于机器学习的快速工具，用于评估宏基因组装配基因组 (MAGs) 的质量。它使用在基因组特征上训练的梯度提升模型来预测完整度和污染度，无需参考基因组。
DAS Tool 是一种用于优化宏基因组组装基因组 (MAG) 恢复的自动化方法，通过整合多个分箱算法的结果。它使用单拷贝基因 (SCG) 分析从多个输入 binner 中选择最佳的非冗余 bin 集合。
VAMB（宏基因组分箱变异自编码器）使用深度变异自编码器学习重叠群（contigs）的潜在表示，基于其四核苷酸频率和多个样本间的共丰度谱，实现准确的宏基因组分箱。
SemiBin2 是一种用于宏基因组分箱的自监督深度学习方法。它使用对比学习和数据增强来训练样本特异性模型，无需参考基因组，即使在新环境中也能实现准确分箱。
对微生物组普查数据的群落分析——包括一张 OTU/ASV 丰度表、一张分类表和一张样本元数据表——用于群落组成、α 与 β 多样性、排序及共现分析。这三张表是任意扩增子或宏基因组流程（QIIME 2、DADA2、mothur、USEARCH/VSEARCH、MetaPhlAn）的标准输出；从你实际运行的那个流程中导出即可。
每个工具页面都包含方法、安装命令、输入/输出格式以及带预览图的图表参考。
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